Mots-clés :
calcul amorphe, biologuie synthetique, modélisation biologique, langage.
Public visé : TER de M1.
Ce sujet se place dans le cadre du projet MGS où nous développons des langages de programmation non-conventionnels dédiés à la modélisation et la simulation de systèmes dynamiques complexes (en particulier en biologie). On s'intéresse à la représentation d'organisations complexes entre des entités variables et hétérogènes, ainsi que leur transformation par des règles d'évolution locales (interactions). Ces travaux se fondent sur des notions de topologie et s'incarnent dans des modèles de calculs variés comme les L-systèmes, le calcul chimique, les automates cellulaires...
Le calcul amorphe2 désigne un domaine récent de recherche visant à effectuer des calculs à partir de systèmes composés d'entités a priori inorganisés (amorphes), possiblement défaillantes, avec des capacités limitées de communications et ne pouvant réaliser que des opérations très simples. On pense naturellement à des cellules biologiques.
La biologie synthétique 3adopter un point de vue d'ingénierie sur la construction du vivant : grâce à un important effort d'abstraction, de standardisation et de découplage, cette discipline récente propose de construire des fonctions biologiques (un programme) comme l'assemblage de briques de bases. Ces briques de bases sont insérées dans un organisme vivant qui « traduira » le programme porté par le plasmide
On souhaite, durant ce stage, utiliser les nouvelles ressources amenées par la biologie synthétique pour définir un nouveau langage de programmation d'entités biologiques simples (des bactéries) afin de résoudre des problèmes adressés par le calcul amorphe. Ce langage sera constitué de primitives simples permettant d'effectuer des tâches de bases. Parmis celles-ci, on peut déjà donner une liste (non exhaustive) des opérations minimales :
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Nikos Drakos,
Computer Based Learning Unit, University of Leeds.
Copyright © 1997, 1998, 1999,
Ross Moore,
Mathematics Department, Macquarie University, Sydney.
The command line arguments were:
latex2html -split 0 -local_icons sujet.tex
The translation was initiated by Olivier Michel on 2008-01-30
@ReMoVeMeFIRST.ibisc.univ-evry.fr.
Des informations supplémentaires sont disponibles à partir de
la page : http://mgs.ibisc.univ-evry.fr